Sezaryen ameliyatın karın ameliyatı olması, anestezi gerektirmesi, bazen az veya çok kanama gibi komplikasyonlar yaşanması sebebiyle çoğu ameliyatlar gibi bazı riskler de taşır. Bu yüzden sezaryen doğumun sadece gerekli durumlarda yapılması önerilir.

Sezaryen ameliyatlarda çok nadir görülse de, en sık görülebilen komplikasyonlar enfeksiyondur. Kanama ve pelvik organ (rahime yakın bulunan mesane), bağırsak gibi organların yaralanmalara denir. 

Sezaryen ameliyatı sonrasında bacak damarlarında pıhtı oluşması ve akciğerlerde pıhtı atma riski sezaryen doğumda, normal doğum'a göre daha fazladır. Sezaryenin diğer bir dezavantajı ise doğumdan hemen sonra anne ve bebek etkileşimini geciktirmesi veya bu gelişimi engellemesidir.
Sezaryen sonrası anne, normal doğuma göre iyileşme süresi epey geçtir. Sezaryen doğumda, normal doğum'a göre hastaneden daha geç taburcu olunur. Günlük hayatına ve işine dönmesi daha uzun sürer.

Sezeyan sonrası ağtılar normal doğuma göre daha fazla olur. Sezaryen doğum sonrasında bebekte solunum sıkıntısı olma riski normal doğuma göre daha fazladır. Normal doğumda bebek doğum kanalından geçerken uğradığı basınç sayesinde akciğerlerindeki su dışarı atılır ancak sezaryende bu gerçekleşmediği için solunum sıkıntısı meydana gelme ihtimali yüksektir. Burada da devreye doktorlar girer.
Sezaryen ile doğan bebeklerde meme emme başarısı normal doğuma göre daha düşüktür.

Bazı araştırmalara göre sezeryan ile doğan çocuklarda astım hastalığına yakalanma ihtimaline daha sık rastlandığı görülmüştür.