Süper Toto Süper Lig'de 28 hafta boyunca yalnızca 44 gol atabilen sarı lacivertli ekip 28. haftalar kıyaslandığında en az golü bu sezon attı. Şampiyonluk yarışına ağır yaralı olarak devam eden ekip bu sezon beklenen performansın çok altında kaldı. Sezon başında yaptıkları transferlerle sezona çok iddialı ve umutlu başlayan ekip bekleneni veremedi. Rakiplerine göre kadro derinliği ve kalitesi çok daha yüksek olan Fenerbahçe, yönetim ve teknik ekip zaafiyetlerinin önüne geçemedi. 2004 2005 sezonunda 28. haftaya kadar 69 gol atan takım bu sezon sadece 44 gol atabildi.

Kadrosunda 2 tane gol kralı olan Fenerbahçe'nin forvetleri Van Persie ve Fernandao 22 gol kaydederken, şampiyonluk yarışının en iddialı ekibi olan Beşiktaş'ın golcüsü Alman Mario Gomez 21 kez rakip fileleri havalandırmayı başardı. Beşiktaş ise tam 61 kez rakibin santra yapmasını sağladı.